https://www.genosplice.com/archives/1982
In Genome Biol: Microsatellite instability at U2AF-binding polypyrimidic tract sites perturbs...
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https://www.biomart.cn/citelab/article/225096.htm
癌症突变状态的组学谱中存在广泛的冗余性_Genome Biol-丁香通
本研究利用TCGA泛癌数据比较多种组学读数在预测癌症突变状态中的表现,发现基因表达通常最有效,但多种组学类型对许多基因具有相似的预测能力。
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https://www.biomart.cn/citelab/article/227048.htm
MEDALT:单细胞拷贝数谱系追踪实现基因发现_Genome Biol-丁香通
MEDALT算法基于单细胞拷贝数谱追踪肿瘤细胞进化,结合谱系物种形成分析识别与适应性相关的基因,在三阴性乳腺癌数据中优先发现关键基因并预测生存。
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https://www.biomart.cn/citelab/article/223260.htm
用于少样本基因调控网络推断的结构增强图元学习_Genome Biol-丁香通
Meta-TGLink是一种结构增强的图元学习模型,用于少样本基因调控网络推断,在真实数据集上优于现有方法,尤其在跨领域少样本场景。
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https://www.biomart.cn/citelab/article/226608.htm
测量单细胞RNA测序数据中的细胞间表达变异性:比较分析及其在B细胞衰老中的应用_Genome Biol-丁香通
本研究比较14种单细胞RNA测序变异指标,发现scran综合性能最佳,并揭示B细胞分化及衰老中细胞间变异性的变化及其调控网络。
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空间转录组学中建模零膨胀并非必要_Genome Biol-丁香通
该研究通过分析20个空间转录组数据集,表明大多数基因的表达计数可由Poisson或负二项模型充分描述,并揭示零膨胀源于空间异质性,从而支持无需在空间转录组建模中引入零膨胀成分。
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https://www.biomart.cn/citelab/article/225862.htm
GraphPCA:一种快速且可解释的空间转录组数据降维算法_Genome Biol-丁香通
GraphPCA是一种结合图约束与PCA的拟线性降维算法,在模拟及多平台真实空间转录组数据上提升空间域检测、去噪和轨迹推断性能。
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https://www.biomart.cn/citelab/article/224410.htm
ARMC5控制大多数Pol II亚基的降解,ARMC5突变增加小鼠和人类神经管缺陷的风险_Genome Biol-丁香通
研究发现ARMC5作为新型E3泛素连接酶的一部分,控制多数Pol II亚基降解;其缺失导致小鼠NTD发生率升高,并在人类MM患者中发现有害突变,提示ARMC5是NTD风险修饰因子。
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